Conde desde la muerte de su padre en 1589. Felipe IV le concedió el título de condes de Villalobos para los primogénitos de su casa, siendo el I conde su hijo Juan. Sus padres fueron Juan Pacheco de Toledo, II marqués de Cerralbo, e Inés de Toledo Colona, hija de los marqueses de Villafranca. Casado con Francisca de la Cueva Córdoba, hija de los IV duques de Alburquerque. Hijos: 1º Juan será el futuro IV marqués de Cerralbo y 2º Inés.

Ingresó en la orden de Santiago el 28 de agosto de 1602. En 1613 fue Capitán General de Galicia por Felipe III hasta 1622. Inquisidor de Valladolid, y XV virrey de la Nueva España en el periodo 3 de noviembre de 1624 a 16 de septiembre de 1635, nombrado por Felipe IV. Su primera acción como virrey fue la de aprehender una flotilla holandesa que pretendía invadir el puerto de Acapulco. Puso en estado de defensa a dicho puerto para evitar una invasión holandesa o francesa, ya que España se encontraba en guerra con estos países. En este periodo la ciudad de México tuvo la peor inundación de su historia. Se pensó incluso que la ciudad desaparecería pues el agua ascendió hasta los 2 metros, y tardó más de cuatro años en retirarse por completo. En 1635 regresó Rodrigo Pacheco a España para ser embajador en Viena. Murió en Bruselas el 16 de abril de 1640.