Adelantado mayor y notario Mayor de León, Tesorero Mayor de Vizcaya, II Notario Mayor de León, Capitán General de las Fronteras de Aragón, Navarra y Jaén y del Ejército de Navarra. Duque de Nájera desde el 30 de agosto de 1482. Fue también II conde de Treviño, y X señor de Amusco, Redecilla y Navarrete.

Era hijo de Diego Martín Manrique de Lara, I conde de Treviño desde 1453, y María Gómez de Sandoval, hija de Diego Gómez de Sandoval, señor de Lerma, y de Beatriz González de Avellaneda. Casado con Guiomar de Castro, hija de Álvaro de Castro, I conde de Monsanto.

Huérfano de padre en 1458, su tío, Rodrigo Manrique, quiso actuar como tutor, pero la oposición de su madre acabó con esta opción. La relación con María de Sandoval no fue buena; la condesa de Treviño mantuvo una relación amorosa con Diego de Stúñiga, conde de Miranda, con quien finalmente contrajo matrimonio. Pedro acabó en pleitos con ella a causa de los bienes de la casa y acabó por recluirla en un convento, una vez que ella volvió a enviudar, para controlarla mejor.

Pedro Manrique tuvo un papel importante en el conflicto sucesorio que se abrió durante el reinado de Enrique IV. El acercamiento al partido isabelino se produjo tras los acuerdos entre el rey castellano y la princesa en Guisando. Pedro, además, fue pieza clave para el desembarco de Fernando en Castilla, lo que facilitó su enlace con Isabel. Participó activamente en la guerra de Granada, en las campañas y sitios de Tájara, Cártama, Vélez, Málaga, Loja o Baza y así, fue recompensado con el título ducal.

En 1504, tras la muerte de Isabel se mostró contrario a los planes de Fernando y se mostró partidario, primero, de Juana y Felipe, y más adelante del emperador Carlos.

De su matrimonio con Guiomar nacieron nueve hijos;

1º Antonio Manrique de Lara, futuro II duque de Nájera;

2º Leonor Manrique de Castro, casada con Francisco López de Zúñiga, I marqués de Ayamonte;

3º Juana, casada con Víctor Vélez de Guevara;

4º Brianda, casada con Luis de Beaumont, III conde de Lerín,

5º Francisca, casada con Fernando Folch de Cardona, II duque de Cardona,

6º María, casada con Luis Fernández Manrique de Lara, II marqués de Aguilar del Campo y

7º Pedro, casado con Isabel Carrillo Albornoz.

8º Isabel, abadesa de las Huelgas

Además contó con una abundante descendencia natural; de las hijas solo se casó Marina, señora de Amaya, mientras que sus hijos sobresalieron en las campañas militares de Granada o Navarra.