Hijo de Diego García de Chaves y de Elvira de Chaves. Se casa con Beatriz de Trejo, hija de Cristóbal de Villaba y de Estefanía de Trejo (5.3.7). Hijos del matrimonio: Leonor Manuel de Chaves que se casa con Juan de Villalba, hijo de Cristóbal de Villaba y de Estefanía de Trejo; Inés de Chaves que se casa con Gonzalo Rodríguez de las Varillas; Catalina de Chaves que se casa con Juan Bonal de Solis; Elvira de Chaves que se casa con Alonso Osorio; Luisa de Chaves; y Garcí López de Chaves, que continúa con el linaje y es nombrado en 1571, señor de Villavieja.