Hijo de Cristóbal Morales Cañete Argote y de Leonor López de Padilla Cabrera. Se casa tres veces. La primera con Jerónima de Morales Berrio, hija de Martín de Argote Morales y de Jerónima de Villalón que muere en 1623 sin hijos. La segunda con Ana de Castrotoboso, que fallece hacia 1636, con quien tubo una hija llamada Leonor María de Morales (1627-1632). La tercera con Beatriz de Córdoba Angulo en 1638. Hija de Juan Fernández de Córdoba Saavedra Ángulo y de María Suárez de Figueroa y Hoces; nieta de Jerónimo Fernández de Córdoba, El ciego, y por lo tanto bisnieta del V señor de Zuheros, Juan de Córdoba Venegas. Sus hijos son: Leonor de Padilla Cabrera (1639-¿?); Beatriz de Angulo Morales (1642-¿?); Juana Venegas Morales (1643-¿?); Cristóbal de Morales Córdoba (1645-¿?); y Catalina Muñiz de Godoy (1649-¿?).