Era hija de Diego Fernández de Córdoba, llamado "el Africano", III marqués de Comares, y de Juana de Aragón Folch de Cardona, V duquesa de Cardona, IV duquesa de Segorbe. En 1578 contrajo matrimonio con su primo Antonio Fernández de Córdoba, III duque de Baena, con quien tuvo doce hijos: 1º El primogénito y el heredero fue Luis Fernández de Córdoba Cardona y Requesens, IV duque de Baena; 2º Diego de Córdoba, que murió niño; 3º Fernando Lorenzo-Buenaventura de Córdoba, abad de Rute, padre del marqués de Belfuerte y de la condesa de Virabén; 4º Gonzalo Andrés-Domingo Fernández de Córdoba, que fue príncipe de Maratea; 5º Ramón Folch de Cardona, que fue caballero de Justicia de la Orden de Malta; 6º Alonso Fernández de Córdoba, que falleció niño en Roma; 7º Lorenzo Fernández de Córdoba, que fue fraile profeso de la orden de Santo Domingo; 8º Francisco Fernández de Córdoba, casado con Juana Fernández de Córdoba, hija de su hermano el duque, después marquesa de Poza, y ambos padres de Francisca de Córdoba y Rojas, marquesa de Poza; 9º Beatriz de Figueroa y de Cardona, que murió siendo niña; 10º Juana Fernández de Córdoba y Aragón, que casaría con Iñigo Fernández de Velasco y Tovar, IX conde de Haro; 11º Francisca Fernández de Córdoba, que casaría con Gómez Suárez de Figueroa y Córdoba, III duque de Feria; 12º Isabel Fernández de Córdoba y Aragón, que falleció niña.