Los antecedentes del Gobierno Civil y Subdelegación del Gobierno en Álava se remontan a comienzos del siglo XIX, cuando en virtud de la Constitución de Bayona de 1808, el gobierno francés de José Bonaparte estableció las figuras de los comisarios regios en las tres provincias vascas para el mantenimiento del orden. En 1810 se constituía formalmente el Gobierno de Vizcaya, donde se englobaron las tres provincias al mando del general Thouvenot, perdiendo Álava su organización foral, constituyéndose un Gobierno de Provincia, siendo en 1811 la capital del Gobierno de Vizcaya la ciudad de Vitoria. Esta situación desapareció tras la batalla de Vitoria el 21 de junio de 1813.

La Constitución de Cadiz de 1812 había dispuesto que el gobierno político de las provincias residiría en un jefe superior nombrado por el Rey.

Durante el Trienio Constitucional se resucita la figura del Jefe Político, que sustituyó en sus funciones a la Diputación General hasta la reacción absolutista de 1824.

A partir de 1832 con la creación de la Secretaría de Estado y del Despacho de Fomento, el Intendente de Hacienda pasó a asumir el cargo de Subdelegado de Fomento, que en 1834 pasaría a denominarse Gobernador Civil. Los Subdelegados de Fomento tenían competencias sobre agricultura, industria y comercio, minería, ayuntamientos, policía general, instrucción pública, sociedades económicas, hospicios y otros establecimientos de beneficencia, cárceles, hermandades y cofradías, caminos y canales, bibliotecas y museos, teatros y espectáculos, caza y pesca, división territorial y estadística, prevenciones generales, etc.

El Decreto de 29 de octubre de 1841, de abolición de los Fueros, supuso para Álava la desaparición de su peculiaridad política, que tras la restitución del Fuero en 1844 no volvería a recuperar. El Jefe Político se hizo cargo del orden público, la organización judicial de Álava se igualó al resto de provincias, dividiéndose en partidos judiciales y las aduanas pasaron a colocarse en la costa, desapareciendo la Aduana de Vitoria. Si bien el Gobierno Civil de Álava tuvo mermada en buena parte sus competencias en Administración Local por la Real Orden de 6 de Marzo de 1849, que concedió a la Diputación de Álava la facultad de entender sobre los presupuestos y cuentas municipales. A partir de este momento el Gobierno Civil de Álava desarrolló su historia y competencias a semejanza del resto de Gobiernos Civiles.

Las Leyes Provinciales de 1870 y de 1882, el Estatuto Provincial de 20 de marzo de 1925 y la Ley de Régimen Local de 24 de junio de 1955 fijaron y desarrollaron su función y competencias.

Esta institución será revalorizada por el franquismo, alcanzando en este período sus mayores cotas de poder, como queda plasmado en el Decreto de 10 de octubre de 1958 del Ministerio de la Gobernación el que los dotó de un estatuto propio, estableciendo que el Gobernador Civil es el representante y delegado permanente del Gobierno en la provincia, es la primera autoridad de la misma a quien corresponde la tutela e inspección de las corporaciones, instituciones y asociaciones de carácter público y la fiscalización, orientación e impulso de todos los servicios según las directrices de los Ministerios respectivos.

El reglamento provisional publicado en la Orden de 24 de julio de 1961 los hace depender del Ministerio de la Gobernación, encomendándoles así competencias especificas de dicho Ministerio.

La Ley 6/1997 de 14 de Abril de Organización y Funcionamiento de la Administración General del Estado, supone su desaparición, sustituidos por los nuevos Órganos de la Administración Periférica del Estado denominados Subdelegaciones de Gobierno, con nuevas y mermadas competencias de gestión (R.D. 617/1997, de 25 de abril, de Subdelegados de Gobierno y Directores Insulares de la Administración General del Estado y R.D. 1330/1997, de 1 de agosto, de integración de servicios periféricos y de estructura de las Delegaciones del Gobierno).

La documentación del Gobierno Civil de Álava ha sido remitida al Archivo Histórico Provincial de Álava mediante transferencias documentales del año 2001 al 2008 por parte de la actual Subdelegación del Gobierno.

Se trata fundamentalmente de documentación producida por el Gobierno Civil franquista y su sucesora la Subdelegación del Gobierno de Álava hasta el año el año 2004. Esta documentación es de especial relevancia para la investigación histórica sobre Álava durante el franquismo y la democracia. No obstante, se conserva documentación de años anteriores, en concreto, registros de asociaciones del Gobierno Civil que se inician en el año 1887.