Por muerte de sus tres hermanos mayores, sucedió en las Casas de su padre Francisco Fernández de Córdoba Folch de Cardona, VI duque de Baena. Fue también IX duque de Sessa, VII duque de Soma, XII conde de Cabra [su hermano Francisco Fernández de Córdoba (1647-1685) fue XI conde de Cabra y conde de Palamós], XI vizconde de Iznájar, conde de Palamós, Oliveto, Trivento y Avellino, XXIII barón de Bellpuig, Liñola, Uxafavá y Calonge, Grande de España, etc. Era hijo de Francisco Fernández de Córdoba, VI duque de Baena, y de Isabel Fernández de Córdoba. Casó por primera vez en 1678 con Francisca Fernández de Córdoba Rojas Portocarrero, III condesa de Casa-Palma, V condesa y señora de la Villa de las Posadas, marquesa de Guadalcázar. En 1685 contrajo matrimonio en segundas nupcias con Margarita de Aragón Benavides. Hijos del primer matrimonio: 1º Francisca Manuela Fernández de Córdoba, IV condesa de Casa-Palma; 2º María Josefa Fernández de Córdoba que murió niña. Hijos del segundo matrimonio: 1º Antonio Fernández de Córdoba Cardona, conde de Palamós, falleció a los tres días de su nacimiento; 2º Francisco Javier Fernández de Córdoba, quien sucedería a su padre, siendo el futuro VIII duque de Baena; 3º Buenaventura Fernández de Córdoba y Aragón, que casaría con la II duquesa de Atrisco y V condesa de Moctezuma, Melchora-Juana de Moctezuma Sarmiento; 4º, 5º, 6º y 7º Joaquín, Antonio, José y Luis Fernández de Córdoba y Aragón, que fallecieron niños; 8º Diego Fernández de Córdoba y Aragón, que fue abad mayor y señor de la villa de Rute; 9º María del Pilar Francisca Fernández de Córdoba Aragón, que casaría muy joven con Pedro-Nuño Colón de Portugal Ayala, marqués de Jamaica y después VIII duque de Veragua; 10º Isabel Fernández de Córdoba Aragón, que fue religiosa profesa en el Real Monasterio de la Encarnación; 11º María Ana Lorenza Fernández de Córdoba Aragón, que falleció antes que su padre; 12º Teresa Fernández de Córdoba Aragón, que murió niña. Fue también Gran Almirante de Nápoles, Capitán General del Mar del reino de Nápoles, presidente del Consejo de Indias, capitán de una de las compañías de Guardias de Corps de Felipe V, su embajador en Roma, etc.