En 1669 sucedió a su padre, Álvaro Luis Fernández de Córdoba Ayala, en el marquesado de Valenzuela. Fue también señor de la Taha de Orgiva. Era hijo del II marqués de Valenzuela, el citado Álvaro Luis, y de Ana Castilla Lasso de Castilla.

En 1657 contrajo matrimonio con su prima, Juana Lasso de Castilla Villaroel, III condesa de Villamanrique, hija de Francisco Lasso de Castilla, IV señor de Villamanrique, y de María de Villarroel Peralta. Hijos del matrimonio: 1º Ana Lorenza Fernández de Córdoba Lasso de Castilla, que casaría con Carlos Venegas de Córdoba, hijo del II conde de Luque, con quien tuvo a Francisco Antonio Venegas, futuro IV marqués de Valenzuela; 2º Luisa María Fernández de Córdoba Lasso de Castilla, quien casaría en 1685 con el III conde de Luque, Egas Venegas de Córdoba; 3º María Josefa Fernández de Córdoba Lasso de Castilla, que murió soltera; 4º Francisca María Fernández de Córdoba Lasso de Castilla, que falleció en la niñez. En 1710 otorgó testamento junto a su esposa, Juana Lasso de Castilla Villaroel, condesa de Villamanrique, instituyendo como heredero a su nieto, Francisco Venegas, hijo de su primogénita Ana Lorenza (+1707) y de Carlos Venegas - hijo del II conde de Luque-, que pasará a ser IV marqués de Valenzuela. El III marqués de Valenzuela fue comendador de Estremera y Valdaracete.