Era hijo del capitán Andrés Ponce de León de Córdoba y de Gregoria Portocarrero de Córdoba Guzmán. Contrajo matrimonio con Elvira de Córdoba Carrillo, VI señora de Zuheros. Hijos del matrimonio: 1º Luis Fernández de Córdoba Ponce de León que, aunque murió en vida de su madre, contrajo matrimonio con Felipa María Venegas de Córdoba y tuvieron descendencia: Luis-Egas de Córdoba Venegas, quien pasará a ser VII señor de Zuheros, y Elvira Ana de Córdoba Venegas quien, ante la muerte prematura de la hija del VII señor de Zuheros, Felipa María Fernández de Córdoba, VIII señora de Zuheros, pasó a ser IX señora de Zuheros; 2ª Gregoria Portocarrero de Córdova Ponce de León, que casó con Martín de los Ríos Córdoba Angulo, XIV señor de las villas de Fernán-Núñez y Abencalez; 3ª Beatriz Carrillo de Córdoba Ponce de León, que casó con Francisco de Corral Frías, II señor de la villa de la Reina, I de la de Almodóvar del Río, y no tuvieron sucesión.