En 1684, a la muerte de su padre, Andrés Fernández de Córdoba Figueroa, XI señor de Zuheros, disputó la posesión del señorío con Leonor de Morales Fernández de Córdoba, esposa del II marqués de Algarinejo (y que, con el tiempo, pasará a ser XIV señora de Zuheros); ésta alegaba que era hijo legitimado, no legítimo, y que ella era hija legítima de Beatriz Fernández de Córdoba, hermana de los X y XI señores de Zuheros. Una primera real ejecutoria de la Chancillería de Granada, de 1695, le concede la posesión del señorío a la marquesa de Algarinejo; apelada esta sentencia, otra real ejecutoria de 1697 le restituye a Juan Andrés la posesión del señorío. Tuvo un hijo natural llamado Andrés Diego. Le sucedió su hermana María (Josefa) Fernández de Córdoba, que pasará a ser XIII señora de Zuheros.