Casado con Juana Aragón Folch de Cardona, V duquesa de Cardona y IV duquesa de Segorbe. Sus padres fueron Luis Fernández de Córdoba, II marqués de Comares, y de Francisca de Córdoba Zúñiga, señora de Canillas. Hijos: 1º Francisca (+1601), 2º Luis, 3ºº Alfonso, heredó el mayorazgo de Canillas, y murió soltero en Flandes en 1580, 4º Juana (1557-), casada con Antonio Fernández de Córdoba, III duque de Baena, 5º María, 6º Guiomar, murieron de niñas, 7º Ana (1563-), casada con Beltrán de la Cueva Castilla, VI duque de Alburquerque y virrey de Aragón, 8º Brianda (1565-1583), 9º Beatriz, (1567-), 10º Mariana, ambas monjas, 11º María (1570-1601).