Hijo de Sancho Caniego de Guzmán y de María Calderón Dávila. Casó en 1571 con Ana Pie de la Concha Quevedo, hija de Gaspar Pie de la Concha Quevedo y de Laurencia Herrera, y fundadora del vínculo de Marchamalo (Guadalajara) ligado a los derechos de la familia Caniego de Guzmán. Tuvieron como descendencia a: Juan Caniego de Guzmán, que sigue la línea; Bernarda Caniego de Guzmán, que casó con Rodrigo Mesía Lasarte, abriendo la línea Mesía de Lasarte Caniego; Mariana Caniego de Guzmán; e Isabel Caniego de Guzmán, monja bernarda en el Convento de la Concepción de la ciudad de Guadalajara. En los años ochenta del s. XVI fue gobernador de la fortaleza de La Calahorra (Granada), en la comarca del Marquesado del Cenete.