Hijo de Pedro Pacheco Zúñiga Loaysa e Inés Francisca Ceballos. Casó con María Tomasa Caniego Araque Villamayor Morales hija de Agustín Caniego de Guzmán Zúñiga y Agustina Araque Villamayor Morales, y hermana de Fernando Caniego Araque Villamayor Morales. A través de este matrimonio los Caniego entroncan con los Pacheco Zúñiga de Murcia, e incorporan a la familia el mayorazgo de El Sotillo y otros vínculos en Guadalajara y Murcia, incluidos los de la casa Jufrè de Loaysa por testamento de Inés Jufrè de Loaysa, viuda de Esteban Pacheco, y el vínculo fundado por Alonso Ramírez de Ayllón, Maestrescuela en la Catedral de Segovia. Tuvieron como descendencia a: María Pacheco Caniego Araque; y Pedro Pacheco Caniego Araque, que sigue la línea.