Ostenta también los títulos de III señor de la Puebla y Candelada, Virrey de Navarra. Sus padres fueron Pedro de López de Zúñiga, II conde de Miranda del Castañar, y de Catalina de Velasco Mendoza (?-1496) hija de los II condes de Haro. Casado con María Enríquez de Cárdenas Enríquez, hermana de Diego de Cárdenas Enríquez, I duque de Maqueda, e hija de Gutierre de Cárdenas, VII señor de Cárdenas, y de Teresa Enríquez, hija natural de Alonso Enríquez, II conde de Melgar, y de María de Alvarado Villagrán. Hijos: 1º Francisco, futuro IV conde de Miranda del Castañar, 2º Catalina, casado con Luis de Sandoval Rojas Enríquez, marqués de Denia, II conde de Lerma, 3º Teresa, casada con Pedro de Zúñiga, I marqués de Aguilafuente, hijo natural de Álvaro de Zúñiga Guzmán, II duque de Béjar, con Catalina Dorantes, con sucesión., 4º Ana, casada con Juan Arias de Saavedra, III conde de Castellar, 5º Gaspar de Zúñiga (?-1571), obispo de Segovia 1550, después de Santiago y de Sevilla, cardenal 1569, 6º Gutierre de Cárdenas, casado dos veces, la primera con Teresa de Cárdenas, hija de los I duques de Maqueda, y en segundas nupcias con Gerónima Pacheco, hija de Alonso Téllez-Girón, III señor de la Puebla de Montalbán, y de Juana de Cárdenas, hija de Alonso de Cárdenas, I conde de la Puebla del Maestre, sin sucesión.