El Convento de Nuestra Señora de Jesús de Donostia-San Sebastián fue fundado el 17 de octubre de 1605 mediante una cédula real. El 9 de noviembre de ese mismo año se firmaron las capitulaciones entre la ciudad y fray Pedro de Amuscotegui, ministro provincial franciscano. El obispo de Pamplona otorgó la licencia para la fundación a cambio de que el convento estuviese fuera de los muros de la ciudad.

Para la construcción del edificio se eligió inicialmente el paraje de Mediacosta, pero los franciscanos no pudieron adquirir el terreno. Finalmente, el municipio y el padre Juan de Sarobe llegaron a un acuerdo el 6 de mayo de 1606 por el cual la ciudad cedió a los franciscanos la casa conocida como Chartico y una renta de 600 ducados. A cambio, asumió el patronazgo del convento y de su iglesia, con todos los honores, preeminencias y privilegios asociados.

Los frailes tenían la obligación de predicar sermones y asistir a las procesiones a cambio de poder pedir limosna en las calles de la ciudad todos los domingos del año, según la provisión real de 11 de noviembre de 1606. El convento fue suprimido por los decretos de exclaustración de 1835.