El 21 de octubre de 1534 Sancho de Herrera, señor de Lanzarote, dona en su testamento, de fecha 21 de octubre de 1534, su huerta de Famara y 500 ducados para que se construya con convento franciscano en el que ser enterrado. Esta inciativa no se llegó a materializar hasta 1583, cuando el conde Gonzalo Argote de Molina, casado con la hija bastarda del marqués de Lanzarote Agustín de Herrera y Rojas, decide emprender las ideas de Sancho de Herrera.

No obstante, Gonzalo Argote y los frailes estiman que la granja de Famara no es un lugar seguro para la comunidad de frailes debido a su cercanía con la costa ya que quedaba el convento muy expuesto a las incursiones piratas. Por ello se elige un nuevo emplazamiento, el Valle de Miraflores. En 1585 el obispo de Troper Juan Poggio da la autorización para que el provincial franciscano fray Bartolomé de Casanova envíe a Juan de San Francisco como fundador y vicario del convento.

En 1588 se comienza a construir la iglesia y el 26 de abril de 1590 se realiza una escritura para materializar los deseos iniciales de Sancho de Herrera, así se donan los 500 ducados para construir una capilla mayor a la que trasladar el cuerpo de Sancho de Herrera y enterrar a sus familiares. En estas escrituras se estipula que el convento ha de llamarse Madre de Dios de Miraflores y se dota al edificio con varias obras de arte y reliquias.

El convento tuvo una media de veinte frailes y en 1618 en un ataque argelino fue pasto de las llamas y sus obras de arte fueron robadas. Años más tarde volvieron a reedificar el convento, que cerró definitivamente sus puertas en 1835 año en que se aplicaron los decretos de exclaustración promovidos por Mendizábal.