El convento de la Purísima Concepción de Villarejo de Fuentes fue fundado en el siglo XVII por religiosas procedentes del cenobio de Concepcionistas de Belmonte, del cual también salieron varias profesas que fundaron las clausuras de Manzanares y Cartagena. Entre las monjas fundadoras se encontraban Juana y Jerónima María, hermanas del misionero San Juan del Castillo, que profesaron en el convento de Concepcionistas de Belmonte en el primer tercio del siglo XVII.

Según el Catastro elaborado por el Marqués de Ensenada, en 1752 el convento de concepcionistas de Villarejo de Fuentes contaba con una comunidad conformada por 20 monjas. En torno a 1767, tras la expulsión de los Jesuitas, las religiosas de Villarejo de Fuentes fueron trasladadas al entonces abandonado colegio e iglesia de jesuitas de la misma localidad (Noviciado de San José de Villarejo de Fuentes), donde se instalaron compartiendo el edificio con las estancias destinadas al uso escolar y habitacional para los profesores seglares de letras, latín y retórica. En este tiempo se propuso convertir en viviendas u oficinas públicas las dependencias del convento que había quedado deshabitado tras la marcha de las religiosas concepcionistas a su nuevo destino.

No se sabe exactamente cuándo desapareció esta comunidad, aunque es probable que se suprimiera con las leyes desamortizadoras de los años 1836-1837, antes de la Guerra Civil Española, ya que el municipio no se vio afectado por combates significativos en dicho periodo, manteniéndose en la zona republicana hasta el final del conflicto.