El convento de Santa María de la Misericordia fue fundado por el reformador Pedro de Santoyo, discípulo de Pedro de Villacreces, con el mecenazgo de Pedro Manrique, que obtuvo el señorío de Paredes de Nava el 8 de diciembre de 1429. No está claro la fecha exacta de la fundación, pudiendo darse entre los años 1429 y 1431.

Durante casi un siglo permaneció el edificio conventual extramuros, pero en 1521 pactaron con Rodrigo Manrique, III Conde de Paredes, el traslado de la comunidad dentro de la ciudad, ya que el antiguo edifico estaba muy deteriorado. Para el nuevo asentamiento fueron usados unos palacios viejos de Pedro Manrique.

El convento contó con grandes benefactores de la familia Manrique, como por ejemplo, Magdalena Manrique, condesa de Deleytosa que fallece el 11 de marzo de 1588, habiendo dejado en su testamento 1.000 ducados para enterrarse cerca de la capilla mayor.

En 1835 el convento cerró definitivamente sus puertas tras la exclaustración decretada por Mendizábal.

En 1542 el convento mantuvo un pleito con los párrocos de Santa Eulalia y San Martín para solucionar si los fieles tenían derecho a comulgar en el convento. Otro pleito falló contra los frailes en 1594, prohibiéndoles sacar procesiones. En 1835 el convento cerró definitivamente sus puertas