El Convento de Nuestra Señora de las Flores fue fundado en 1590 por fray Diego Gómez. Estaba situado extramuros de la villa, en el lugar de la antigua ermita de Nuestra Señora de las Flores, cuya advocación adoptó. Las obras del convento empezaron el 18 de febrero de 1593, costeadas por las limosnas de los vecinos del lugar y del obispo de Málaga. Posteriormente, las familias nobles siguieron sufrgando los gastos del convento a cambio de diversos privilegios.

Inicialmente, el convento sólo contaba con 9 frailes, pero su número aumentó a 20 a mediados del siglo XVII: 7 predicadores, 6 confesores, 3 clérigos, 6 laicos y 13 sacerdotes. En el siglo XVIII disponía de 28 frailes: 12 sacerdotes, 2 coristas, 8 legos y 6 donados. Se dedicaban a la cuestación, el cuidado de pobres y enfermos y la asistencia espiritual de los habitantes de la región. A partir de 1641 el convento dispuso de una casa de noviciado con cursos de teología y filosofía a cargo de dos lectores. Hasta el siglo XVIII también contó con un hospicio sufragado por los benefactores del convento.

El convento no se vio afectado por la Ley sobre monasterios y conventos de 25 de octubre de 1820 a pesar de que el número de frailes se había reducido a 17 después de la Guerra de la Independencia (1808-1814). Fue suprimido definitivamente por los decretos de exclaustración de 1835.