En 1612, la dama Juana de Barahona fundó una casa como comunidad religiosa compuesta por doncellas en la calle Hortaleza de Madrid.

En 1616 se trasladarían a la calle de la Palma instalándose junto a la ermita de San Antón, que aún estaba a las afueras de Madrid, donde empezaron a ser conocidas como las Maravillas por custodiar la imagen de esa virgen que empezaba a ser muy venerada en la capital.

En 1624 se forman como beatario al adoptar la regla del carmen pasando a ser carmelitas recoletas.

Ya en 1644 la comunidad se erigió en monasterio al unirse a ellas tres religiosas procedentes del convento de la Concepción de Alcalá de Henares. Asumirían las funciones de priora, subpriora y maestra de novicias.

En 1646 la institución es reinaugurada y en 1649 pasa al patronato de la corona bajo el reinado de Felipe IV que era gran devoto de la Virgen de las Maravillas. El mismo rey llegó a costear la construcción de la nueva iglesia del convento ya que la que había parecía pequeña para el nuevo culto a la virgen.

Las religiosas pasaron por períodos de pobreza y necesidad en los que recurrieron al patronato real y así lograron conservar el convento y la iglesia hasta 1868. Ese año sufren la desmortización del Sexenio Revolucionario.

Abandonaron el convento en 1869 y, aunque tratarían de regresar, no pudieron lograr los permisos necesarios ya que sobre el solar en el que se encontraban se había desarrollado un nuevo proyecto urbanístico.

El convento fue finalmente demolido y en ese mismo solar se abrió la Plaza del Dos de Mayo.

La iglesia si permaneció en pie convirtiéndose en parroquia en 1891 bajo la advocación de los Santos Justo y Pastor.

Las religiosas del antiguo convento se fueron instalando en diferentes casas y conventos como el de don Juan de Alarcón o junto a una capilla del Paseo del Obelisco pasando también por el convento de las Comendadoras de Santiago pero por motivos de espacio o de deudas tuvieron que ir abandonando estas residencias.

Finalmente, en 1902, el matrimonio formado por Milagros Goçálvez y Saturnino Calderón apadrinó a las monjas. Les donaron un solar en la calle Príncipe de Vergara donde construyeron un nuevo convento y una nueva iglesia en los que residen y viven bajo la regla de la orden desde entonces y hasta la actualidad.