El convento dominico de Nuestra Señora de los Remedios de Ayerbe fue fundado por Hugo de Urriés y Ximénez de Cerdán, VII señor de la Baronía de Ayerbe, junto a su mujer Greyda de Lanuza, que desde este momento se convertían en patronos del convento. Para edificar el convento se usó el terreno llamado "Campo de los Hidalgos", siendo su primera piedra fue colocada en 1543 y llegando la construcción a su fin en 1548. La obra fue dirigida por los hermanos Martín y Juan de Aguirre.

Fray Tomás Esquibel, prior de los predicadores de Zaragoza y vicario general de la Corona de Aragón, realizó la toma de posesión y la consagración de la iglesia fue obra de Francisco de Urriés, obispo de Urgel. La primera comunidad que habitó el convento constaba de 11 religiosos, cuyo prior fue fray Alonso Valentín.

Durante la Guerra de la Independencia (1808-1814) el convento fue incendiado y sufrió graves destrozos. Tras el fin de la contienda comenzaron las obras de reconstrucción, que no pudieron terminarse, ya que en 1835 fueron emitidos los decretos de exclaustración que suprimían la práctica totalidad de conventos masculinos españoles. El 11 de abril de 1855 la iglesia se convirtió en la Parroquia de San Pedro.