A finales del s. XVI Antonio de Salazar y Catalina Villel, realizan la fundación de un convento de carmelitas. En 1615 la comunidad abandona el convento, por lo que el cabildo y los patronos buscan una nueva orden para alojarlo. A pesar de que los dominicos de Cifuentes y los jerónimos de la Solana aspiraban a instalarse en el convento, fueron finalmente los franciscanos los que fueron elegidos para habitarlo.

En 30 de julio de 1623, fueron firmadas la capitulaciones entre el patrón de la obra, Juan de Salazar, señor de Pelegrina, y la Cabrera, sobrino de los fundadores, con el cabildo catedralicio y los propios franciscanos. En agosto del mismo año son recibidos por el cabildo y la ciudad. Los primeros frailes en llegar procedían de Zaragoza, y estaban bajo el mando del padre Espeleta. Más tarde se unen también frailes de San Pedro y San Pablo de Alcalá de Henares.

En el convento se impartían clases de Teología y Filosofía, aunque luego los examinados debían acudir a la universidad a demostrar allí sus conocimientos. El convento poseía un gran solar y una iglesia conventual, en la que se realizaban enterramientos, como los de Antonio y Catalina, los fundadores, que fueron enterrados en el altar mayor. Mucha personalidades de la ciudad pagan por ser enterrados en la iglesia, por ello en el s. XVIII impulsaron facilidades para estas personalidades, y previo pago, pudieran ser enterradas en la iglesia. En ocasiones esto provocaba roces con el cabildo, que era el que tenía que estos pagos al convento.

No obstante, el convento vivía en un gran desahogo económico, como demuestran las múltiples compras de terrenos y posesiones que éste realizó. En la segunda mitad del siglo XVIII, ceden la iglesia a la Orden Tercera de San Francisco. Finalmente en 1835, el convento ha de cerrar definitivamente sus puertas como resultado de la exclaustración decretada por Mendizábal.