La fundación del convento de carmelitas descalzos de Almodóvar del Campo contó con el impulso del padre Antonio de Jesús, que había sido elegido prior del convento de carmelitas de Toledo en 1573. En un primer momento recibió la negativa del comisario apostólico, por lo que, recurrió al superior general de la orden carmelita descalza, Juan Bautista Rubeo, que autorizó la creación del convento en licencia firmada el 21 de junio de 1574. Otro escollo a superar era obtener el permiso de la orden de Calatrava, que poseía Almodóvar del Campo, pero el 21 de febrero de 1575 el Real Consejo de Órdenes, a petición de Felipe II, aprueba la fundación del convento.

La toma de posesión tiene lugar el 7 de marzo de 1575 en una casa de la calle San Diego, donde permanecieron hasta que hubo terminado la construcción del convento en 1599. Desde muy pronto contó el convento con la cesión, que realizó el concejo, de la preceptoría de Humanidades, por lo que, quedaban autorizados para impartir estudios. Para realizar la labor docente que les habían asignado, trajeron al carmelita portugués Antonio de Jesús como maestro de gramática. El número de frailes aumentó de manera muy rápida, tomando posesión del convento 12 para aumentar a 36 en 1834. El convento gozó de gran influencia y llegó a albergar el primer capítulo general de los carmelitas descalzos el 15 de agosto de 1578, capítulo al que acudió en propio San Juan de la Cruz.

El siglo XIX conllevó una serie de sucesos que desembocaron en el cese de la vida conventual. El primer golpe lo recibieron en 1808 durante la Guerra de la Independencia, que acarreó graves destrozos al convento. La comunidad de frailes regresó a la vida conventual pero en 1835 el convento era clausurado como resultado de la exclaustración decretada por Mendizábal.