El convento fue fundado por Teresa de Jesús en 1576, por aquel entonces a extramuros de la ciudad. Es el número doce de los que se acojen a la reforma teresiana.

Con la cláusula de permiso otorgada por Felipe II surgieron los problemas, ya que el cenobio quedaba adscrito al mandato del comendador de Calatrava (Orden de Santiago por aquel entonces). En 1575 se reclama por parte de la santa fundadora la dependencia directa de la Orden del Carmen y junto con la confirmación celebran la elección de Ana de San Alberto como priora. Se conserva una «Memoria» de puño y letra de Teresa de Jesús que contiene las instrucciones para el nuevo monasterio. Así, queda inaugurado el monasterio el 1 de enero de 1576.

Por este monasterio pasó hasta en siete ocasiones fray Juan de la Cruz (1542-1591), durante el periodo que ostentó los cargos de definidor, rector de Baeza y vicario provincial de Andalucía. De él carmelita se conservaba una carta en el mismo monasterio.

Posteriormente se van anexando nuevas adquisiciones: casas (30 de septiembre de1589) y la ermita de San José.

El convento actual es del siglo XVI-XVII y la configuración de la iglesia de la segunda mitad del XVIII, con retablos del lorquino Agustín López y del manchego Miguel Calzada

Actualmente se encuentra vendido a una empresa hostelera, Parador del Convento S.L, con la consecuente marcha de las monjas en 2003-2004

El monasterio está declarado Bien de Interés Cultural, en la categoría de "Monumento" desde el 2003 y está catalogado en el Plan Especial de Reforma Interior (P.E.R.I) de Calatrava con la categoría "Excepcional".