En el barrio del Perchel existía una ermita dedicada a San Andrés donde iban a rezar las gentes del mar. Ya en 1568 el obispado reclamó la construcción de una nueva iglesia, más grande y con capacidad para albergar a más fieles. En 1583 llegó a Málaga fray Gabriel de la Concepción, conocido como fray Peñuela, debido a que había sido el fundador del convento de Peñuela en Jaén. En 1584 fray Gabriel obtuvo del corregidor Diego Ordóñez de Lara y del obispo Pacheco de Córdoba el permiso para llevar a cabo la fundación del convento.

La primera misa se ofició el 27 de junio de 1584. Tiempo después Felipe II confirmó la donación de la iglesia de San Andrés y de la huerta conventual. Inciándose en este momento una época de expansión que se prolongó durante los años siguientes. En el s. XVIII ser produjo una remodelación de la iglesia, adquiriendo el templo una mayor complejidad en sus estructuras debido a la construcción de capillas.

El s.XIX supuso una etapa turbulenta en la historia de España, San Andrés no fue ajeno a estos avatares, así, en 1831 San Andrés fue la cárcel del general liberal José María Torrijos y de sus 49 compañeros, donde permanecieron la noche antes de su ejecución por haber intentado un levantamiento contra Fernando VII. En 1835 se produjeron las exclaustraciones decretadas por Mendizábal, en un principio San Andrés evitó el cierre de su convento, llegando a albergar incluso a frailes exclaustrados de los conventos de Mijas, Antequera, Ronda etc..., pero en 1836, San Andrés cierra sus puertas, ya que se promulga un nuevo decreto suprime definitivamente los conventos masculinos que quedaban abiertos