En 1654 Felipe IV expide una cédula real por la que concede licencia para fundar el convento franciscano de San Antonio de Padua en Almendralejo. La iniciativa de la fundación corrió a cargo del matrimonio formado por Fernando Nieto Becerra y Juana de Alvarado Mendoza. Se pretendía resarcir la pérdida del convento de Nuestra Señora de la Luz de Moncarche en Alconchel que fue destruido durante las guerras contra Portugal.

El 9 de mayo se formalizó la comunidad y nueve frailes dirigidos por Juan de San Agustín se asentaron en unas casas donadas por Fernando Nieto. Dos años después, el 22 de mayo de 1656, se firman las capitulaciones, por las que los fundadores se comprometen a dotar de todo lo necesario al convento a cambio de un lector de Moral y otro de estudios de Artes y Teología. El 13 de mayo de 1657, el ayuntamiento amplió la labor educativa del convento alquilando una casa para clases de Gramática Latina.

Durante la Guerra de la Independencia la comunidad descalza hubo de abandonar el convento que fue convertido en cuartel. Volvieron tras terminar la contienda pero en 1835 la exclaustración decretada por Mendizábal cierra definitivamente las puertas del convento.