La fundación del convento la realiza el doctor Martín de Gila, abogado de los reales consejos y vicario de la iglesia colegial de la ciudad de Úbeda. Para ello donó unos terrenos conocidos como La Esperilla cerca de la ermita de San Cristóbal, posesión de él y su hermana. La donación se hizo el 14 de junio de 1606 ante el escribano de Úbeda, Juan de Cotillas y se autorizó la construcción por provisión de Felipe III del 12 de noviembre de 1606.

En 1620 las obras no estaban culminadas, por ello el alcalde mayor de Úbeda manda hacer un presupuesto para terminarlo que resulta en 7312 ducados. Un gran benefactor del convento fue fray Diego de la Cruz Mendoza, ministro provincial, que a expensas de su hermano Iñigo Benny y Mendoza, Mariscal de Benamejí, amplió la obra del convento, mandando construir la capilla mayor de la iglesia, y fundó una gran biblioteca que aumentó el alcance cultural del convento, que en 1632 obtuvo estudios de Teología.

En 1647 habitaban 25 frailes en el convento: diez padres predicadores, cuatro hermanos coristas, nueve hermanos legos y dos hermanos donados. También en el s. XVII el convento obtuvo de las autoridades de Úbeda, a petición de Lope de Cueva, que sus ganados pastaran en los terrenos del término.

Durante la Guerra de la Independencia el convento es ocupado por tropas francesas debido a la situación de la edificación, siendo un enclave estratégico entre Úbeda y Baeza. En este período las obras de artes tuvieron que ser escondidas en el Hospital de Santiago y tras terminar la guerra el padre guardián formuló una reclamación en 1814 para que fueran restituidas al convento.

Durante el Trienio Liberal se promulga la Ley sobre monasterios y conventos de 1820, debido a su aplicación son clausurados todos los monasterios de Úbeda excepto el de San Antonio. En 2 junio 1821 el ayuntamiento pide al obispo el traslado de la comunidad de frailes al convento del Carmen, antiguo convento carmelita que había sido clausurado y estaba situado en el centro de la ciudad. Una vez obtenida la aprobación del obispo una real orden de 22 de junio corroboró la decisión.

No obstante el fin del convento no tarde en llegar, ya que un decreto de 2 de abril de 1822 todavía durante el Trienio Liberal, ordena disolver definitivamente a la comunidad de franciscanos de Úbeda.