El convento de San Benito de Alcántara fue construido a lo largo del siglo XVI como sede administrativa y religiosa de la Orden Militar de Alcántara, viniendo a sustituir al primitivo convento.La decisión oficial que propició el traslado al actual emplazamiento se tomó en el Capítulo General celebreado por la Orden en Medina del Campo en 1504 (los Reyes Católicos habían aprobado previamente la construcción del monasterio al 14 de mayo de 1495, aunque en otro emplazamiento). Desde el comienzo de la construcción figura al frente de las obras Pedro Larrea incorporándose más adelante el arquitecto Pedro de Ybarra.

La politica desamortizadora del siglo XIX hizo desaparecer todo el mobiliario del convento hasta que el 22 de marzo de 1866 el edificio fue subastado y vendido a particulares. Se intentó también la subasta de la iglesia, pero el pueblo y autoridades lograron finalmente que el Ministerio de Gracia y Justicia diese el 11 de abril de 1872 una orden por la que prohibía la venta del histórico templo.

Finalmente, tras el informe realizado por D. José Ramón Mélida Alinari el 16 de marzo de 1914, fue declarado por Real Orden Monumento Nacional.

En este convento se custodiaba el archivo general de la Orden de Alcántara, pero han llegado escasos testimonios documentales al Archivo Histórico Nacional

Las casas matrices de las cuatro Órdenes Militares españolas fueron suprimidas por R.D. de 9 de marzo de 1836, aplicándose todos sus bienes y rentas a la extinción de la Deuda Pública. Los archivos generales de las Órdenes Militares, depositarios de la historia de las Órdenes anterior a su incorporación a la Corona, ingresaron en el Archivo Histórico Nacional con el resto de los archivos desamortizados, remitidos por las Contadurías de Arbitrios y Amortización de las provincias.

Del archivo general de Alcántara se conserva escasa documentación, por lo que estos inventarios del archivo ayudan a reconstruir la historia de la Orden. Este fondo se custodia en la sección de Órdenes Militares