El Colegio-convento de San Carlos Borromeo de Alcalá de Henares (Madrid) se fundó por idea del padre Miguel J. de Montserrat. El 9 enero de 1653, se unió en ese empeño el presbítero Francisco Antonio Calamaza, quien adquirió unas casas, propiedad del Colegio de Málaga, en la Plaza del Mercado, junto a la parroquia de Santa María.

El 13 de marzo de 1653 los frailes camilos toman posesión del edificio instalándose en el mismo. En él se estudiarán Artes y Teología. En junio de 1654, los padres Zoagle y Falcone diseñan el futuro colegio. En octubre de 1655, el viceprovincial de la Orden, Salvatore Falcone, con la autorización del Arzobispo de Toledo, pide licencia al rector de San Ildefonso para incorporar el colegio a la Universidad y se le concede.

El 18 de enero de 1684 Juan de Arrivas, racionero de la Iglesia Magistral, cede al colegio 4.000 ducados. Posteriormente, en enero de 1722, José Pedrajas toma posesión del Patronato del colegio.

Además de la presencia de los Ministros de los Enfermos, el edificio ha pasado por numerosos usos. En 1820 el edificio pasa a manos del Estado y dos años más tarde, fue cedido al ayuntamiento de Alcalá para sede del pósito y carnicería públicas.

Tras el final del Trienio Liberal, en 1823, el edificio fue devuelto a los religiosos, que lo ocuparon hasta su exclaustración definitiva, en 1835, con las leyes desamortizadoras del ministro Mendizábal.

Lo que podemos ver hoy día es un edificio muy transformado con el paso de los años, por motivo de sus diferentes cambios de uso. Muy desfigurado con relación a su probable aspecto original.. En la actualidad, se halla dividida en dos plantas por un forjado, siendo la superior utilizada como salón de plenos del Ayuntamiento.