Fuentes de León debe su nombre a su antigua condición de Encomienda Mayor del Priorato de León de la Orden Militar de Santiago. La primera licencia para la fundación del convento lla expide el Consejo de Órdenes el 12 de julio de 1597. No obstante, no sería hasta 1598 cuando se obtuvo la licencia definitiva para fundarlo en la provincia seráfica de San Miguel.

Las obras se habían iniciado años antes, en 1593, y se sufragaron a partir de las limosnas de los vecinos. La inauguración se realizó en 1603. La iglesia del convento, de una sola nave, alojaba el enterramiento de Francisco de Liaño y Arjona, nacido en Fuentes de León en 1668 y Teniente General de la Real Armada Española de Felipe V. El famoso marino murió en Cartagena el 18 de enero de 1753.

El convento llegó a tener veinte frailes en 1769. Durante el Trienio Liberal, el convento es obligado a cerrar a raíz de la aplicación de la ley de 25 de diciembre de 1820 al tener menos de doce frailes. En 1821 se procedió al traslado de dos frailes que todavía vivían allí, Hortensio Ginés y José Robles. Finalmente en 1822 cierra definitivamente sus puertas.