El origen de los franciscanos en Sevilla hay que buscarlo en el mismo momento de la conquista la ciudad por Fernando III en 1248. Meses después de que esto ocurriera, el monarca donó unas casas de su propiedad para que los franciscanos se asentasen en la ciudad.

La provincia de San José, estimó oportuna la creación de otro convento franciscano en Sevilla, por ello en 1583 envía a la ciudad a un grupo de 15 religiosos para que comiencen con las gestiones. Estos frailes serían alojados en una heredad de Baltasar Brun en el Pago de Canta-Lobos.

Debido a la oposición de algunos prelados de la ordena una nueva fundación, tuvieron que pasar varios años para que ésta se llevara a cabo, y tras varias conversaciones entre el arzobispo, la provincia de San José y el Cabildo, en las que intervino el propio Felipe II, logra fundarse el convento en 1589.

El 13 de octubre de 1589 el cabildo concede mediante escritura pública, unos terrenos extramuros de la ciudad en los aledaños de la Puerta de Jerez, cerca del Alcázar. Un año más tarde, la ciudad otorga una limosna de 3.000 ducados, a pagar en tres plazos anuales. En 1592 terminaron las obras del convento. La iglesia fue bendecida por el arzobispo Rodrigo de Castro. El Santísimo Sacramento fue trasladado el 19 de abril del mismo año.

En 1619 se produce en escisión en la provincia seráfica de San Gabriel, creandose la provincia de San Diego, de la que este convento será la cabeza. De hecho en éste se crea un noviciado en el que formaban a frailes destinados a evangelizar en el nuevo mundo.

También es importante la defensa del inmaculismo. Esta idea emerge en San Diego de Alcalá a partir de las conversaciones de teología entre el arcediano Mateo Vázquez de Leca, fray Francisco de Santiago y el beato Juan de Prado, primer padre provincial de San Diego y mártir en Marruecos. Más tarde se unirían a este grupo el presbítero Bernardo de Toro y fray Diego de Jaramillo. Se produjo un clima de enfrentamiento ideológico en la ciudad, ya que el dogma inmaculista, contaba con la oposición de los dominicos y otros grupos. Para defender este dogma, salieron en procesión el 23 de enero de 1615.

El convento estaba establecido a orillas del Guadalquivir, sufriendo las a menudo las crecidas de éste. Entre 1783 y 1784 se produjo una crecida que anegó toda la planta baja y dejó muy dañado el convento. Debido a esto, en 1784, se mudan al edificio que había sido noviciado de San Luís, de la orden jesuita y fundado en 1600. Poco tiempo permanecerían allí, la que las tropas francesas exclaustran el convento en 1810 tras la conquista de Sevilla. Y aunque regresarón tras la Guerra de la Independencia, tuvieron que abandonarlo de nuevo tras el retorno de los jesuitas en 1815.

Tras abandonar San Luis definitivamente en 1817, la comunidad se encontró de nuevo sin un lugar en el que establecerse. Fueron alojados en una casa de la calle Imperial. Mientras, mantuvieron un pleito con Nathan Wetherell, que había comprado su primer convento en 1784, convirtiéndolo en una fábrica de curtidos. Finalmente Nathan Wetherell, propuso la donación de cuatro casas y un solar que habían formado parte del hospital de San Antón.

Una vez finalizadas las obras en 1819, pudieron alojarse en su nuevo emplazamiento en la calle Armas. Pero muy poco tiempo después, el 25 de octubre de 1820, se prohibe la existencia de más de un convento en la misma ciudad. Debido a esto se unen a los descalzos de San Pedro de Alcántara, esto sucede el 19 de junio de 1821. La ley se deroga en 1823, con lo que, pueden regresar al convento.

El convento cerrará definitivamente sus puertas en 1835, tras la exclaustración decretada por Mendizábal.