La fundación la llevó a cabo en 1684 el obispo Martín de Bonilla Echevarría (1628-1698), Canónigo de la Catedral de Alcalá, provisor de su obispado, visitador eclesiástico de Madrid, y dos veces obispo de Ceuta, haciéndose cargo de los altos gastos que proporcionaron comodidades a los religiosos. En diciembre de ese mismo año se hizo la dedicación de la iglesia.

Las fechas de construcción del oratorio se sitúan entre 1698 y 1704 y la de la iglesia de 1698 y 1714, levantados ambos sobre unas casas.

En el año de 1697 muere el obispo fundador, dejando testamentada como heredera a esta congregación. En 1705 se trae el cuerpo del fundador desde el convento del Espíritu Santo de clérigos menores de Madrid. Se fundó para ser un centro pastoral universitario.

Otros benefactores fueron Juan Pérez Merino (Cuadro de Nuestra Señora de Guadalupe y rentas) enterrado aquí mismo y José Yermo Ibáñez (Abad de la Magistral). Una condesa de Alba de Liste fue sepultada en estas fechas junto al fundador.

Su miembro más destacado fue el padre Juan José Lecanda (1853-1939), amigo de Miguel de Unamuno (1864-1936), el cual escogió éste como lugar de retiro.

Es la única congregación masculina del municipio que no sufrió los efectos de la desamortización eclesiástica del siglo XIX y que ha permanecido prácticamente sin interrupciones desde su fundación, aunque con variaciones en sus funciones, pues quedó desligada de la universidad en 1835.

Conserva la que muy posiblemente sea la mejor colección de arte religioso de Alcalá de Henares, con obras de la escuela de Alonso Cano (1601-1667) (talla de San Felipe Neri), muy posiblemente de Gregorio Fernández (1576-1636) (Talla de Santa Teresa), Antonio Palomino de Castro (1655-1726) (Pintura de San José), Antonio de Pereda (hijo 1611-1678) (Pintura de la Inmaculada), Vicente Carducho (1576/1678 -1638)(Pintura de San Bruno), Juan Delgado (1696-1730) (Pintura de Santa Teresa), de J. Vicente Ribera (1668-1736) (Pintura de la Glorificación de San Felipe Neri), Mariano Salvador Maella (1739-1819) (Pintura de el Calvario) y un boceto de la Purísisma de Vicente López (1772-1850).