Ignacio Romero, Provincial en España de esta orden compró en 1643 la casa e iglesia que dejaron los Padres Dominicos del Rosario (Calle Luna, inaugurado bajo la orden dominica en 1632) para acoger a aquellos que habían tenido que huir del reino de Portugal y del Principado de Cataluña por no querer consentir en los levantamientos de 1640. El 8 de febrero se tomó posesión de la casa, pero al miércoles siguiente y a causa de las quejas del abad de San Martín por fundar dentro de su parroquia sin consentimiento, fue despojado de ella por orden de Diego de Castejón y Fonseca ((1580-1655) Presidente del Consejo de Castilla).

Intervino ofreciendo su protección Isabel de Borbón (1602-1644) y encomendó el caso a Juan de Chumacero (1580-1660), que por entonces fue nombrado presidente, el cual resolvió a favor de los clérigos regulares menores. El 23 de febrero de 1644 (1648 según Teresa Jiménez Priego) se expedía una Real Cédula para que se erigiese el convento bajo el amparo de la ya nombrada Isabel de Borbón. Tres días, día 26, después se abrió la iglesia advocada a Felipe Neri y se colocó el Santísimo Sacramento.

El 18 de mayo de 1719 se arruinó el templo y hubo que construirlo de nuevo, reinaugurándose con la colocación del Santísimo el 10 de junio de 1725, esta vez bajo la advocación de Nuestra Señora de Portacoeli y de San Felipe Neri, que perdura en la actualidad como parroquia de San Martín (desde 1835 en cuyo momento se trasladó la parroquia a la iglesia que seguía siendo del convento de clérigos menores observantes), en cuya portada vemos representado a Juan Agustín Adorno (1551-1591) ante la virgen de Portacoeli.

Sufrió con la invasión francesa. Hay un documento en el Archivo de Simancas de 1809 que explica la decisión de Napoleón julio de 1808 de fusionar los dos conventos de clérigos menores en este. No tenemos más datos al respecto, pero lo cierto es que la fusión definitiva llegó en 1823, cuando un incendio asoló lo poco del convento del Santo Espíritu que había sobrevivido a 1808.

Isabel de Borbón tenía un especial interés en la figura de san Felipe Neri, pues la talla de este templo proviene de la casa del Espíritu Santo, la cual había sido donada por la reina para la función de su canonización en 1622.

La parroquia de San Martín se declara el 19 de octubre de 1995 como Bien de Interés Cultural en la categoría de monumento. El 4 de junio de 1977 el Ministerio de Educación y Ciencia expidió una orden solicitando la del expediente de declaración de monumento a favor de este inmueble.

Isabel de Borbón tenía un especial interés en la figura de san Felipe Neri, pues la talla de este templo proviene de la casa del Espíritu Santo, la cual había sido donada por la reina para la función de su canonización en 1622.

La parroquia de San Martín se declara el 19 de octubre de 1995 como Bien de Interés Cultural en la categoría de monumento. El 4 de junio de 1977 el Ministerio de Educación y Ciencia expidió una orden solicitando la del expediente de declaración de monumento a favor de este inmueble.