El origen del convento hay que buscarlo en una petición a Roma de los Reyes Católicos tras conquistar Baza entre 1488 y 1489, a través de la cual obtuvieron una bula papal autorizando a crear tres conventos de franciscanos observantes en Ronda, Guaix y Baza.

El 18 de diciembre de 1490 los Reyes Católicos informan al corregidor Enrique Enríquez de la intención de crear un convento en Baza, para lo que ordenan que a la hora de escoger el lugar de asentamiento de la comunidad, esté presente el fraile Antonio de Villafranca.

Antes del 12 de mayo de 1491 llega fray Antonio de Villafranca a Baza, y toma posesión de diez casas, un pequeño oratorio y tierras anejas a ellas, en el arrabal de Hedar. Pero se encuentra con la oposición de las autoridades de Baza, por lo que denuncia a los Reyes Católicos, que intervienen en noviembre de 1491, no obstante han de ser privados de sus bienes y obligados a mudarse a otro emplazamiento.

Así, en septiembre de 1492, se asientan en el arrabal de Calacijar, no sería este su asentamiento definitivo, ya que, entrado el S.XVI, obtienen la protección de Enríque Enríquez, y su mujer, María de Luna, a cambio del patronato de la capilla mayor de la futura iglesia del convento. En 1504 mudan junto a las puertas principales de la vieja medina, el que ya será su asentamiento definitivo.

La comunidad de frailes tuvo que afrontar los destrozos producidos por un terremoto en 1531, que destruyó en gran medida el convento y sus edificaciones aledañas. Gracias al patronato de la familia Enríquez de Luna y otras, pudieron emprender obras de reconstrucción y ampliación del convento.

En 1835 cierra sus puertas debido a la aplicación de los decretos de exclaustración de Mendizabal.