El convento de San Francisco de Bermeo es el más antiguo de los fundados en Bizkaia. Su origen se encuentra en la fundación que realizaron los señores de Vizcaya, el conde Tello y Juana de Lara, con el visto bueno del concejo. La fundación tiene lugar el 30 de enero de 1357. El convento es surtido con los bienes, tierras, casas y diezmos del monasterio de Santa María de la Alboñiga y su primer guardián es fray Juan Díaz, maestro en Teología.

En sus primeros tiempos los frailes franciscanos contaron con la oposición del linaje banderizo de Avendaño, el cual arrebata al convento franciscano el monasterio de Santa María de Alboñiga, y con la del cabildo de clérigos beneficiados de las iglesias de Santa Eufemia y Santa María de Atalaya, con los que el convento se disputaba el enterramiento de los muertos. Este último enfrentamiento pudo costar el derrumbe del convento, pero todo se solucionó con un acuerdo entre las dos partes en 1424. En el proceso contaron con la defensa de Enrique III, rey de Castilla.

El convento contó con grandes benefactores entre las familias más poderosas de la zona, así en 1424, Juan Sáez de Guerricáiz manda construir la capilla mayor. Otra familia que guardó gran relación con el convento fueron los Mújica-Butrón, señores de Aramayona. Varios de sus miembros fueron enterrados en el convento, como Juan Alonso de Butrón y Mújica, que en 1539 donó 600 ducados para la construcción de la iglesia.

A lo largo del s. XV existieron numerosos pleitos para que el convento abrazara la reforma observante, finalmente el convento se unió a la observancia en el periodo comprendido entre el final del s.XV y los principios del XVI, no sin antes haber protagonizado múltiples momentos de tensión debido a la negativa de los conventuales a unirse a la reforma, llegando a atrincherarse en el convento. Para solucionar estos problemas tuvo que participar el propio Corregidor de Vizcaya.

Durante la Guerra de la Independencia el convento sufrió un incendio, el 24 de junio de 1812, que dejó el edifico muy deteriorado. Finalmente el convento cerraría sus puertas en 1835 tras la exclaustración decretada por Mendizábal.