En Cazorla existía un convento de la rama femenina de la orden. A fin de dar servicio espiritual a la comunidad se crea una vicaría en 1513. Unos años más tarde el cabildo de la villa y el clero de la zona, aprueban la constitución en convento de los franciscanos de la vicaría, por lo que en 1517 se establecen en el convento de la Vera Cruz o de San Jorge, donde previamente habían habitado las monjas franciscanas, que ahora estaban alojadas en San Juan de la Penitencia.

En 1578 se produjo el traslado al centro de la villa y la fundación del convento de San Francisco. Así el 27 de enero con la licencia del cabildo y los prelados de la orden, la comunidad abandona el convento de la Vera Cruz y se instala en el convento de San Francisco. El 21 de abril de 1580 Gaspar de Quiroga, cardenal, confirma la fundación. En 1646, siendo guardián para los franciscanos de Cazorla, fray sebastián de Orozco, se emprenda una reconstrucción y ampliación del convento e iglesia. En 1683 todavía seguirían las obras.

El s. XIX fue muy turbulento para el convento franciscano de Cazorla. En 1809 se aplicó el decreto de supresión de órdenes religiosas, con lo que los frailes tuvieron que abandonar el convento, que fue destruido por el ejército francés, que entró en Cazorla el 23 de enero de 1810. Regresaron al convento y emprendieron la restauración a partir de 1814, año del regreso de Fernando VII. Pero en 1820, la ley de monasterios y conventos de 25 de octubre, expulsa de nuevo a la comunidad, por ello varios frailes se unen al clero parroquial.

Regresaron tras terminar el Trienio Liberal, pero al convento le quedaba poco tiempo, ya que en 1835, cerraba definitivamente sus puertas a raiz de los decretos de exclaustraciónd de Mendizábal.