El Convento de San Francisco de Huéscar fue fundado el 6 de octubre de 1602. Los habitantes de la ciudad de Huéscar deseaban establecer un convento desde hacía tiempo y obtuvieron la autorización para ello del arzobispo de Toledo, Bernardo de Rojas y Sandoval, y del duque de Alba. El 31 de octubre de ese año los frailes compraron a Juan Nieto y Francisca Ruiz una casa y una huerta en la llamada Atarazana, en el camino de Castril, para construir el edificio. Mientras duraron las obras, los frailes se alojaron en la antigua ermita de San Sebastián, en las afueras del pueblo. Posteriormente, el convento tuvo que solicitar limosna al municipio para terminar la construcción.

El número de frailes osciló en torno a los 40 a lo largo de su existencia. El convento disponía de una cátedra de filosofía para novicios y estudiantes seglares bajo el auspicio del cabildo eclesiástico y del municipio. En 1718, el edificio sufrió un incendio que se extendió hasta la biblioteca, los pajares y las caballerizas. Debido a ello, en 1734 se reformaron y ampliaron las dependencias del convento por 4.000 reales a expensas de los vecinos de Huéscar y su comarca. A partir de 1758, el convento creó una cátedra de gramática para estudiantes seglares financiada por el municipio.

La Guerra de la Independencia (1808-1814) afectó gravemente a la comunidad de frailes. En julio de 1810 el convento fue suprimido por las autoridades francesas en cumplimiento del Real Decreto de 18 de agosto de 1809 disponiendo que todas las órdenes regulares, monacales, mendicantes y clericales existentes en los dominios de España quedasen suprimidas. A continuación, las tropas francesas ocuparon el edificio hasta que las fuerzas españolas liberaron brevemente la localidad en 1811. Sin embargo, los franceses recuperaron enseguida sus posiciones y se instalaron otra vez en el convento hasta que su retirada definitiva en 1812.

El 13 de enero de 1813 los frailes ocuparon nuevamente el convento, que había sufrido graves daños durante el conflicto. La restauración del edificio costó 16.000 reales. La Ley sobre monasterios y conventos de 25 de octubre de 1820 suprimió el vecino Convento de Santo Domingo, pero no afectó a este. El convento fue abandonado definitivamente en septiembre de 1835 debido al Real Decreto de 25 de julio de ese año suprimiendo los monasterios y conventos de religiosos con menos de 12 individuos profesos.