El convento tiene su origen en el s. XIII. Algunos autores sitúan su fundación entre los años 1226-1230. Sin embargo existe una bula del papa Inocencia IV, de 13 de noviembre de 1216, en la aprueba la fundación del convento e insta a los fieles a que contribuyan en su construcción.

En un principio la comunidad se situó extramuros, cerca de la ermita de San Pablo, para después mudarse definitivamente a San Francisco de Jaca. El convento siempre tuvo una media de 30 religiosos y poseía una amplia iglesia con gran cantidad de imágenes.

En 1514 se promulgó la Bula de Unión, por la que la Provincia Franciscana de Aragón, se dividió en dos provincias independientes, la de los conventuales y la de la Virgen de la Vega, de la observancia. El convento de Jaca permaneció a la provincia conventual hasta 1567, año en que Felipe II suprime a los conventuales.

La Guerra de la Independencia supuso un duro golpe para el convento, que tuvo que cerrar sus puertas de forma definitiva en 1814, tras quedar completamente asolado en la defensa de la ciudad contra el ejército francés.