La tradición dice que San Francisco de Lugo es uno de los conventos que fundó el propio San Francisco de Asís a su paso por España para realizar el peregrinaje a Santiago. No obstante el origen hay que buscarlo en la comunidad de franciscanos que se asentó en el Monte Labio entre los años 1230 y 1249. La fecha de fundación no está clara del todo, pero sabemos que entre 1280 y 1282 los frailes adquieren dos terrenos, La Cortiña de Mirleu y La Cortiña de los Canónigos, también en 1282 reciben en donación una casa de Nuño II obispo de Mondoñedo.

Entre la década que va de 1280 a 1290 se produce la instalación de los franciscanos en su nueva casa, y a partir de aquí existen documentos que atestiguan que en 1298 era ya una institución muy conocida. Tiempo después Alfonso XI otorga un privilegio al convento.

El convento gozó del patrocinio de los condes de Lemos, de la casa Trastámara, siendo su primer benefactor Pedro Enríquez de Castro, IV conde Lemos que en la segunda mitad del s. XIV emprende obras en la capilla mayor a fin de ser enterrado allí. Esta labor sería continuada por su hijo Fadrique Enríquez que contribuyó con la construcción de capillas y mausoleos. Además varias de las familias poderosas de la época, como los Ulloa, Saavedra o Bolaño, contribuyeron al patronato del convento.

El convento tuvo que cerrar definitivamente sus puertas en 1835 cuando se aplicó la exclaustración decretada por Mendizábal.