La fundación del convento franciscano de Medina de Pomar se debe a la familia Velasco, señores de la villa y grandes protectores de la orden. En 1313 ya habían promovido el estableciento de un convento de la orden de Santa Clara, la rama femenina de los franciscanos, y años más tarde ayudaron a la fundación del convento de San Francisco.

San Francisco pertenece a la provincia seráfica de Burgos desde 1514, en que es promulgada la bula Illius Cuius Pace de León X, el 20 de marzo, por la que se autoriza la provincia. Los franciscanos de Medina de Pomar, que por estas fechas se habían unido a la observancia, pertenecían a la custodia claustral de Vitoria. En el convento vivió y murió Lope de Salazar y Salinas (1393-1463), famaso místico discípulo del reformador Pedro Villacreces.

El convento llegó a tener un gran auge, llegando a mediados del s. XVIII a 47 frailes. De hecho sobrevivió a la exclaustración de 1820 al habitar muchos frailes entre sus muros. Pero en 1835 el Capitán General de Burgos, clausuró el convento para ser usado como almacén de armas y hospital durante la Guerra Carlista. Esto supuso el fin del convento de San Francisco que la desamortización de Mendizábal, pasó a manos del estado.