Los franciscanos llegaron a Orduña en 1469, estableciéndose en la antigua ermita de Santa Marina, situada extramuros. Allí permanecieron hasta que el 2 de marzo de 1586, el papa Sixto V firmó una bula por la que autorizaba a los frailes a trasladarse a otro convento dentro de la ciudad. El antiguo convento pasó a ser habitado por las beatas de San Julián, que adoptaron la regla de Santa Clara en 1601, por lo que el convento pasaría a ser llamado de Santa Clara.

El alcalde de Orduña, Baltasar de Gauna, y su procurador, Juan de Urigoitia, promovieron la compra de casas y terrenos para que los franciscanos construyesen el convento y la iglesia. No obstante, a pesar de la ayuda del ayuntamiento, el traslado de los frailes franciscanos dentro de la ciudad, contó con la oposición del cabildo de las parroquias de Orduña.

Durante la primera Guerra Carlista, los frailes abandonaron el convento el 7 de abril de 1834, por lo que en aplicación del decreto de 26 de marzo de 1834 por el que se ocuparon las temporalidades de religiosos que hubieran abandonado su iglesia para unirse a los carlistas, se procedió a la clausura del convento. El 3 de junio de 1846, un Real Decreto entregaba el convento al ayuntamiento de Orduña que lo convertiría en hospital