El Convento de San Francisco de Ronda fue fundado por los Reyes Católicos mediante una real provisión el 25 de julio de 1485. Inicialmente, el convento estuvo situado en el lugar de un edificio musulmán dentro de la fortaleza, pero los frailes abandonaron ese asentamiento en 1490 debido a su insalubridad. Tras una estancia en la parroquia de San Salvador y una nueva licencia de los monarcas del 14 de septiembre de 1500, los frailes trasladaron el convento a un antiguo cementerio musulmán extramuros de la ciudad. Durante sus primeros años de existencia, los frailes mantuvo un prolongado pleito con la parroquia de Santa María.

Desde el siglo XVII, el convento disponía de un seminario de artes, una cátedra de filosofía y conferencias morales. En 1698 se trasladó al convento la fábrica de sayal de la provincia franciscana de Andalucía, que ocupaba a entre 18 y 20 oficiales produciendo 13.000 varas de sayal cada año y medio. Llegó a contar con un número de 35 frailes en el siglo XVIII: 20 sacerdotes, 4 coristas, 5 legos y 6 donados.

Durante la Guerra de Sucesión (1701-1714), el convento acogió a los frailes de la Tercera Orden Regular franciscana expulsados del convento de Gibraltar por las tropas británicas. El 25 de diciembre de 1760 el convento sufrió un incendio que arrasó gran parte de la iglesia y el claustro. El edificio no terminó de repararse hasta 1775.

La Guerra de la Independencia (1808-1814) interrumpió la vida del convento. Las tropas francesas expulsaron a los frailes y utilizaron el convento como cuartel. Posteriormente, lo demolieron parcialmente por necesidades militares. Los frailes residieron en la ermita de la Virgen de Gracia durante el resto del conflicto. Después de la guerra, los frailes tuvieron que residir en varias casas particulares debido a la lentitud de la rehabilitación del edificio. Los frailes regresaron al convento en 1820, aunque el edificio nunca pudo ser completamente reparado. El convento fue suprimido por los decretos de exclaustración de 1835.