Hacia el año 1450 hubo un intento de fundar en San Clemente un convento franciscano que se materializó en el año 1503. Se levantó sobre un solar donado por un caballero de la villa, Alonso del Castillo y fue construido con las aportaciones del concejo y las limosnas de los vecinos. Se fundó con el nombre de Convento de Santa María de Gracia. El convento formó parte de la custodia de Murcia, después provincia franciscana de Cartagena.

Durante los tres siglos de vida el convento fue casa de estudios. La provincia de Cartagena publicó, en el capítulo de Villanueva de los Infantes de 1760, la tasa de moradores que cada convento de la misma debía tener con obligación de no sobrepasarla. Al convento de San clemente le asignó treinta y cinco moradores, de los que veinticinco serían sacerdotes, tres coristas, cinco hermanos y dos donados.

A finales del siglo XVIII y principios del XIX, el número de religiosos descendió. Una de las razones fue el desarrollo de la Guerra de la Independencia de 1808-1814: el paso de los franceses por San Clemente supuso una importante pérdida económica para el convento y la dispersión de la comunidad. También estuvo cerrado por unos meses en el Trienio constitucional de 1820. El 27 de julio de 1823 se restableció la comunidad dando la posesión al Padre Francisco de Paula Sandoval y Melgarejo, regente de la real jurisdicción en San Clemente.

Décadas posteriores a la exclaustración, en el año 1878, se restauró la provincia de Cartagena pero los monjes franciscanos no volvieron a ocupar el convento de San Clemente.