El Convento de San Francisco de Tolosa fue fundado por Pedro de Mendizorroz el 20 de agosto de 1587 mediante una escritura con fray Francisco de Ugarte y fray Martín de Tolosa. Mediante otra escritura del 22 de agosto de ese año, la villa asumió el patronazgo del convento con todos los honores y preeminencias habituales. Mendizorroz cedió al convento una parte de sus tierras, 1.000 ducados en efectivo y una renta anual de 100 ducados a perpetuidad. A cambio, adquirió la propiedad de una capilla en la iglesia del convento. Por su parte, los frailes tenían la obligación de proporcionar un predicador, escogido por el municipio, para la parroquia de Santa María en adviento y en cuaresma. Además, durante las fiestas de la Virgen, los frailes sólo podían predicar en el convento el día de la Inmaculada Concepción. Sin embargo, el incumplimiento de estas obligaciones provocó repetidos pleitos entre el convento y la villa durante los siglos XVII y XVIII.

Mediante una escritura del 27 de septiembre de 1612, Isabel de Idiáquez estableció en el convento el colegio de San José, dedicado a los estudios de artes y teología. Idiáquez dotó el colegio con 500 ducados de renta anual. El colegio se construyó para 12 frailes colegiales, aunque también ofrecía enseñanza a estudiantes seglares si había un número suficiente de ellos. Con el paso del tiempo, el convento se convirtió en la principal casa de estudios de los franciscanos de Gipuzkoa.

A pesar de que el gobierno decretó la supresión de todos los conventos y monasterios españoles en 1836, el convento siguió funcionando varios años más debido a que permaneció en el área carlista durante la Primera Guerra Carlista (1833-1840). Fue abandonado definitivamente en septiembre de 1839, cuando las tropas liberales ocuparon Tolosa.