Los franciscanos ya llevaban en Zamora desde 1246, año en que se instalaron en la ermita de Santa Caterina. Sobre el convento de San Francisco en Toro, existen evidencias de que ya existía en 1266, aunque la fecha exacta de fundación es desconocido. El convento era habitado por frailes conventuales hasta 1424 en que el convento se vuelve observante, no obstante en 1496 no había sucedido el cambio completo.

Contó el convento la protección de personas muy importantes de la nobleza, como Doña Blanca, hermana de María de Molina, que a fines del s. XIII, donó en su testamento 2000 maravedíes al convento. Teresa Gil, infanta portuguesa, también realizó donaciones importantes en su testamento del año 1307.

Gracias a esta relación con la nobleza, pudo el convento remontar los destrozos producidos por un incendio en 1507, que dejaron el edifico en ruinas. En 1413, la reina Beatriz mandó una carta a Fernando I, rey de Aragón, para que ayudase a costear las reformas del convento. En 1463 las obras están muy avanzadas y se realiza una ampliación del templo, con el patronato de Juan Rodríguez de Portocarrero, mayordomo mayor de la reina y Beatriz, y su esposa Beatriz de Barreto.

El convento tuvo estudios de Filosofía aprobados por el capítulo provincial de 1523 en León, y de Artes después, también funcionó como noviciado.

Durante la Guerra de la Independencia, el edificio conventual quedó en un estado de lamentable deterioro. Tanto fue así que los frailes pidieron el traslado a otro convento. El fin definitivo del convento se daría en 1835, cuando la aplicación de las leyes de exclaustración de Mendizábal, cierran sus puertas para siempre.