Villaverde Guadalimar pertenecía al llamado Señorío de las cinco villas, cuyos señores fueron los condes de Paredes de Nava. La fundación del convento la realiza en 1477 el II conde de Paredes, Pedro Manrique, intentando emular a su antepasado, el Adelantado de León, que fundó un convento franciscano en Paredes de Nava.

Tras obtener la bula papal que permitía la fundación, tomaron posesión los franciscanos en 1486. El convento siempre tuvo una relación muy estrecha con la familia Manrique. Uno de sus benefactores, Luis Manrique de Lara, limosnero mayor de Felipe II y nieto de Pedro Manrique, donó 4.000 ducados para la realización de la reforma del convento. Una vez terminada, firmó Escritura de Patronazgo en 1578, adscribiendo para siempre el patronato a la familia Manrique.

Del convento dependía un hospicio y Yeste, además se estima que el convento poseía una biblioteca de 600 libros. El 1 de septiembre de 1755 acabó gravemente destruido tras un terremoto que asoló la zona. Años después, cerró definitivamente sus puertas tras la exclaustración decretada por Mendizábal.