Los orígenes del Santuario de la Peña se remontan a la existencia de una ermita ya desde el siglo XIII.

Su ubicación dentro de una de las rutas del Camino de Santiago, la antigua Vía Novo romana, transformó el templo en un lugar de gran importancia no sólo para peregrinos sino también como centro de acogida para niños expósitos, viajeros o necesitados.

A finales del siglo XVI un miembro de la comunidad del santuario, Gabriel de Aller, se desplaza hasta Roma donde llegó a profesar en el Hospital de Sancti Spiritus. Entre 1587 y 1601 pide y obtiene licencia, que le sería concedida por bula papal, para construir un monasterio- hospital junto a la antigua ermita.

Se había levantado ya una nueva iglesia que se acabó de construir en 1590 y se construiría el monasterio a partir de 1601.

Las funciones del santuario eran variadas, como se ha mencionado, y se ejercieron durante los dos siglos en los que existió.

Toda la documentación que se conserva del antiguo monasterio acreditan el cumplimiento de sus tareas así como la descripción de su comunidad. Por ejemplo, en 1752 habitaban la casa diez monjes aparte de un criado y un cocinero, y describen, asimismo, las dificultades que superaron durantes estos más de doscientos años.

Sufrieron un gran incendio en el año 1700 que provocó grandes pérdidas de su patrimonio, incluidas su biblioteca y archivo y ya entrado el siglo XIX, con la invasión de las tropas francesas, volvieron a ver como su casa era saqueada y dañada.

Había sido una comunidad poseedora de numerosas rentas. Tuvieron fincas hasta en, al menos, treinta y cuatro pueblos vecinos e incluso recibían el apoyo del concejo de Congosto para la manutención de algunos de los niños que eran recogidos por los monjes tras ser abandonados.

Superada la invasión francesa los monjes trataron de reponerse y volver a establecer las funciones del monasterio pero, durante el intento, llegaron las leyes de exclaustración del Trienio Liberal. En esta ocasión abandonaron la casa pero lograron regresar en 1823.

Permanecerían allí sólo doce años más. En 1835, con la aplicación de los decretos de exclaustración de Mendizabal, se vieron obligados a abandonar, ahora de forma definitiva, el monasterio.

A pesar de la disolución de la comunidad religiosa el templo se mantuvo abierto al culto. Conserva, aún hoy, gran fama y sigue siendo muy visitado. Tras diversas dificultades sufridas en el último siglo, como las consecuencias de la Guerra Civil, ha podido subsisitir gracias al apoyo de diferentes donantes y pequeños mecenas que han ayudado a restaurar y conservar tanto el edificio como sus imágenes de culto.