El Convento de San Gabriel de Badajoz fue fundado en 1521 con el patrocinio de Gome Hernández de Solís y su esposa Catalina de Silva. Se atribuye su fundación a San Pedro de Alcántara. Los frailes vivieron en la ermita de los Mártires, en el poblado de la Mañoca, hasta que se construyó un edificio de grandes proporciones extramuros de la ciudad, con su propia huerta y agua procedente del arroyo de la Mañoca. A lo largo de la existencia del convento, el número de frailes osciló en torno a la veintena.

Durante la Guerra de Restauración portuguesa (1640-1668), el convento fue ocupado y utilizado como cuartel tanto por las tropas portuguesas como por las españolas. Debido a su situación vulnerable fuera de las murallas y a la escasa salubridad del edificio, el ayuntamiento permitió a los frailes trasladarse a la antigua enfermería franciscana situada intramuros en 1742. El nuevo edificio, atribuido a Ventura Rodríguez, no estuvo terminado hasta 1790. En esta etapa el convento contó con el patronazgo de Manuel Godoy.

Durante el Trienio Liberal (1820-1823), el convento fue suprimido a causa de la Ley sobre monasterios y conventos de 25 de octubre de 1820, aunque los frailes volvieron a ocupar el edificio después de 1823. El convento fue definitivamente suprimido por los decretos de exclaustración de 1835. La iglesia ha continuado abierta al culto hasta la actualidad como parroquia de la Concepción.