El 2 de febrero de 1561 en el convento de el Pedroso, San Pedro de Alcántara escogió a ocho religiosos de su orden tercera para fundar un convento en Elche. El lugar escogido para el asentamiento estaba ocupado por una antigua ermita dedicada a San José y la financiación de las obras corrieron a cuenta del duque de Maqueda (marqués de Elche).

El convento fue cabeza provincial hasta el 4 de mayo de 1574 en que se fundó el convento de San Juan de Ribera en Valencia. Debido a su construcción en la capital, arrebató la posición de cabeza provincial al de Elche.

El convento estaba alejado del núcleo úrbano, y quedaba aislado en época de heladas, por ello la comunidad de frailes pidió en 1613 el traslado a otro lugar de la ciudad. Esto no fue atendido hasta 1647-48, tiempo en el que la peste asoló Elche y el ayuntamiento decidió llevar a los enfermos al convento, vaciando el Hospital Municipal y llevando a la comunidad de frailes a la Casa de los Malla. El traslado de los frailes tuvo lugar el 23 de junio de 1648.

En este tiempo, el ayuntamiento propuso al duque de Maqueda alojar en un nuevo convento a la orden, corriendo con los gastos de la edificación, pero manteniendo el patronato del duque. Éste se negó y el ayuntamiento se vió obligado a retornar a los frailes a su antiguo convento. Antes de su traslado se produjo La Sitiada, el 18 de noviembre de 1650, que consistió en la quema de ropas de los enfermos que habían sido tratados en el convento para purificar el lugar y evitar el contagio de los frailes.

En 1650 se produce la firma del patronato de los marqueses de Elche al convento, dicho patronato fue la base de su financiación. El convento llegó a contar con 54 religiosos, y en 1678 se mudaron a un nuevo edificio, siendo el anterior completamente derruido.

En 1835 cierra sus puertas debido a la exclaustración decretada por Mendizábal. Más tarde, en 1841, el ayuntamiento consigue el edificio para usarlo como Casa Hospital de Beneficencia.