El Convento de San José de Logroño fue fundado por Diego de Yanguas y Francisco del Rincón en 1628. Los carmelitas descalzos ya habían conseguido licencia del municipio para erigir un convento en 1618, pero no habían podido hacerlo entonces debido al pleito que habían mantenido con el obispado y las demás congregaciones religiosas de la ciudad, opuestos a su establecimiento. Yanguas y Rincón dejaron 840 ducados de renta anual para sostener el convento. El edificio fue construido entre 1629 y 1663, aunque fue reformado en 1696. Las obras fueron sufragadas por 43 donativos particulares, incluyendo 15.000 ducados de fray Juan de Rueda y Herrera. El convento también disponía de un colegio.

Debido a que las rentas del convento se invirtieron en censos y juros de fincas urbanas y rústicas de Logroño, Alberite, Lardero y otros poblaciones de la región, las suspensiones de pagos producidas durante el reinado de Carlos II devaluaron o extinguieron el valor de muchos de ellos. Después de la Guerra de Sucesión (1701-1714), las rentas del convento disminuyeron tanto que los frailes fueron incapaces de seguir soportando las obligaciones de misas y aniversarios que habían contraído a cambio de las rentas. En 1732 el papa Inocencio XIII emitió un breve reduciendo las obligaciones del convento en la misma proporción que lo habían hecho sus rentas. Las cuentas del convento fueron saneadas y dejaron de tener pérdidas desde finales del siglo XVIII.

El convento fue utilizado como cuartel durante la Guerra de la Independencia (1808-1814) y sufrió considerables desperfectos. En 1822, el jefe político superior de Logroño decretó la demolición del convento debido al temor de que pudiera servir de apoyo a los insurrectos absolutistas, pero la orden nunca se llevó a cabo. El convento fue suprimido definitivamente en la primavera de 1836, en cumplimiento de los decretos de exclaustración de 1835.